به گزارش ایسنا، نجفی در این استعفانامه که به تاریخ ۲۲ اسفند ماه ۱۳۹۶ نوشته شده، مهمترین علت استعفای خود را عارض شدن بیماری جدید و طولانی بودن درمان آن بیان و تاکید کرده است:‌ «اکنون که شهرداری تهران از بخش مهمی از تنگناها و مشکلات عبور کرده و راه‌حل‌هایی برای چالش‌ها و کمبود ها پیش بینی و تدبیر گشته است، متاسفانه عارض شدن بیماری جدیدی که درمان آن طولانی است و مسلما بخشی از انرژی و توان مرا تحلیل خواهد بود، امکان ادامه خدمت این جانب را منتفی ساخته است و بیم آن می‌رود که در صورت تداوم این وضع زحمات و دستاوردهای قبلی از بین برود و به مدیریت شهر لطمات جدی وارد آورد».

متن استعفا نامه شهردار تهران بدین شرح است:

«برادر گرامی جناب آقای مهندس هاشمی

رییس محترم شورای اسلامی تهران، ری و شمیرانات

با تقدیم سلام؛ جنابعالی و اعضای محترم شورای اسلامی شهر می‌دانید من که با احساس تکلیف برای خدمت به همشهریان عزیزم ، مسولیت شهرداری را پذیرفتم و در این مدت کوتاه مسولیتم در مبارز ه با غول فساد و انسجام برنامه‌ها بر مبنای خرد و تدبیر و انصاف و عدالت و ساماندهی امور شهرداری و شهر تهران از هیچ کوشش فروگزار نکردم تا در پیشگاه خداوند تبارک و تعالی و مردم شریف تهران سربلند باشم.

اکنون که شهرداری تهران از بخش مهمی از تنگناها و مشکلات عبور کرده و راه‌حل‌هایی برای چالش‌ها و کمبود ها پیش بینی و تدبیر گشته است ، متاسفانه عارض شدن بیماری جدیدی که درمان آن طولانی است و مسلما بخشی از انرژی و توان مرا تحلیل خواهد بود، امکان ادامه خدمت این جانب را منتفی ساخته است و بیم آن می‌رود که در صورت تداوم این وضع زحمات و دستاوردهای قبلی از بین برود و به مدیریت شهر لطمات جدی وارد آورد و لذا از اعضای محترم شورای اسلامی شهر که به اتفاق آرا مسولیت اداره شهر را به من محول نموده‌اند، استدعا دارم برای حفظ مصلحت شهر و مردم نجیب تهران عذر مرا بپذیرند.

دوستان عزیز شورا می دانند که من بدون کمترین تعلل و سستی و تردید و به قصد اصلاح سیستمی فساد آلود، همه تهدیدها و توهین‌ها را پذیرفتم و دم برنیاوردم و هم اکنون نیز به آن مواضع ایستاده‌ام و تا زمان تعیین فرد جانشین با همه توان به کار ادامه خواهم داد در عین حال توقع دارم که شورای محترم با اتخاذ تصمیمی عاجل، فرصت معالجه به موقع را برای بنده محیا سازد.

از پیشگاه ملت بزرگ ایران و همشهریان عزیز طلب بخشش و دعای خیر دارم و امیدوارم با لطف و بزگواری خود به تقصیرها و قصورهای بنده به دیده اغماض بنگرند.

... و البته داوری نهایی با خداست که بهترین داورها است.

و العاقبه للمتقین

محمد علی نجفی».